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自動化高通量的單AG8.AG亚游官网全長轉錄組分析
品牌 Code No. 產品名稱 包裝量 價格(元) 說明書 數量
Clontech 640183 SMARTer® ICELL8® 250v Chip 1 Chip 詢價
Clontech 640048 ICELL8® Collection Kit 1 Pkg 詢價
Clontech 640109 ICELL8® Loading Kit 1 Pkg 詢價
Clontech 640202 SMART-Seq® ICELL8®Reagent Kit 1 Chip 詢價
Clontech 640203 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 3 Chip 詢價
Clontech 640204 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit 5 Chip 詢價
無標題文檔
 
 
全長轉錄組分析 延伸 單AG8.AG亚游官网全長cDNA製備 NGS文庫製備 NGS文庫定量
 
  NGS文庫製備係統
 
 
SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit—高通量、高品質、更便捷的單AG8.AG亚游官网全長轉錄組分析解決方案
· 高通量單AG8.AG亚游官网分析:同時生成上千單AG8.AG亚游官网測序數據
· 樣品靈活性高:一次試驗可同時對8個不同樣品進行單AG8.AG亚游官网分析
· 更少樣品處理:自動完成文庫構建前的AG8.AG亚游官网分離、挑選及樣品收集,偏差更小
· 兼容Illumina測序平台:構建的文庫支持Illumina平台測序
 
■ 應用領域
· 適用於Illumina平台的高通量、全長單AG8.AG亚游官网RNA-Seq文庫的製備
 
■ 產品說明
全長序列可以提供基因差異表達、基因融合以及可變剪切等高靈敏度分析。Takara的高通量解決方案整合了SMART-Seq v4試劑,靈敏度更高。在經過SMARTer ICELL8 Single-Cell System進行單AG8.AG亚游官网分選後,可獲得>1,000個單AG8.AG亚游官网全長轉錄組信息。該實驗流程支持在SMARTer ICELL8芯片上直接進行cDNA擴增,同時引入Illumina特異接頭序列,獲得含Index的文庫可直接用於Illumina平台測序。
SMARTer ICELL8 Single-Cell System(Code No. 640000)能夠將AG8.AG亚游官网分注到含5,184個納米孔的空白SMARTer ICELL8 250v芯片(Code No. 640183)中,完成單AG8.AG亚游官网的分離。使用CellSelect軟件鑒定出含有“活的單AG8.AG亚游官网”的微孔。接著,SMART RT-PCR試劑被分注到選中的“活的單AG8.AG亚游官网”微孔中,然後將芯片轉移至ICELL8 Chip Cycler中進行反應。在單次反應中,通過一步法RT-PCR完成cDNA第一鏈的合成與擴增。得到的全長cDNA直接在芯片上使用ATM(Illumina Nextera® XT library preparation kit)進行片段化處理,片段化的cDNA 再通過正向和反向的index引物(Code No. 640205)進行擴增。包含了全長信息的擴增產物從芯片中混合收集,經純化、擴增後即可獲得測序用文庫。
 
■ 產品組分
完整的工作流程需要下列Takara Bio產品。請參考SMARTer ICELL8 SMART-Seq User Manual得到一份完整的試劑耗材清單:
· SMARTer ICELL8 250v Chip (Code No. 640183)
· SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit(Code No. 640202, 640203, 640204)*
· SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set (Code No. 640205)*
· SMARTerTM ICELL8 Collection Kit (Code No. 640048)
· SMARTerTM ICELL8 Loading Kit (Code No. 640109)
 
* NOTE:Code No. 640202含有足夠的試劑處理一張芯片,640203為三張芯片,640204為五張芯片。每一個SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set(Code No. 640205)適用於一張芯片。請訂購多個640205以匹配三個或五個規模的試劑盒。
 
圖1 全長單AG8.AG亚游官网RNA-Seq SMARTer ICELL8文庫製備工作流程
 
圖2. 代表性樣品的轉錄本覆蓋度評價 將人類基因組編碼的轉錄本進行長度均一化處理,兩個不同分選的K562AG8.AG亚游官网比對的reads覆蓋度沿均一化的轉錄本進行繪製(X軸上均一化轉錄本中的位置用百分數表示)。沿均一化轉錄本方向觀察均一化覆蓋度(Y軸上由0到1範圍表示)相對於最大覆蓋度的情況。如圖所示,兩個均一化覆蓋度結果表現較好。
 
圖3. 基因表達檢測的重複性評價 為評價SMARTer ICELL8 system產生的全長RNA-seq數據的重複性,對所有鑒定到的轉錄本進行基因表達檢測,並通過Pearson相關係數確定所有單AG8.AG亚游官网納米孔之間的相關性,結果如熱圖所示。
 
 
產品詳情請訪問以下英文網頁:
https://www.takarabio.com/products/automation-systems/smarter-icell8-systems/smarter-icell8-applications/single-cell-full-length-transcriptome-analysis
 
 
 
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